久しぶりに記事が追加されているようなのでお勉強。
Boxes and Arrows: Site Diagrams: Mapping an Information Space
http://www.boxesandarrows.com/archives/site_diagrams_mapping_an_information_space.php
サイト構造を文書化する際のフローは、それぞれの案件によってもさまざまだと思いますが、ここに書かれているように「アウトライン」を作成して階層化してからダイヤグラムにする手法が (ボクの場合) 多いです。
といっても、「インスピレーション」で作成する場合にはアウトラインをつくれば自動的にダイヤグラムができてしまうので超便利だったりします。これくらい手軽にできるソフトをほかでは見たことがないので、いいのがあれば教えてほしいのです…… (> そのへん)。
Visioもアウトラインで、というかExcelで制御できることはできるんですが (「[IA] Visio + Excel」参照)、いかんせん管理しづらいのでやめた経験があります。